Setelah kecelakaan pertama, rangkaian PLB 5568A berhenti untuk menunggu instruksi keselamatan. Namun hanya berselang sekitar tiga menit 43 detik, KA Argo Bromo Anggrek justru menghantam bagian belakang kereta tersebut hingga menimbulkan belasan korban meninggal dan puluhan luka-luka.
KNKT menemukan bahwa pada pukul 20.50.43, Argo Bromo Anggrek masih menerima sinyal hijau di Stasiun Bekasi meski jalur di depan belum sepenuhnya aman.
Selain masalah sistem sinyal, kondisi lingkungan sekitar rel juga disebut memperburuk situasi. Cahaya dari pasar, lampu rumah warga, dan penerangan jalan membuat masinis kesulitan membedakan sinyal tambahan UB104 dengan sumber cahaya lain di sekitar lintasan.
KNKT turut menyoroti lambatnya koordinasi komunikasi antarunit pengendali perjalanan kereta yang dinilai memperlambat penanganan darurat. Investigasi lebih lanjut masih terus dilakukan untuk memastikan seluruh faktor penyebab kecelakaan.[dit]
