Masalah yang lebih serius dari sekadar hilangnya vitamin adalah potensi terbentuknya senyawa berbahaya bernama nitrit. Sayuran berdaun hijau seperti bayam, kangkung, brokoli, dan seledri secara alami mengandung nitrat dalam jumlah tinggi. Saat dimasak pertama kali, nitrat ini aman dikonsumsi. Namun, jika sayuran matang tersebut dibiarkan terlalu lama pada suhu ruang, bakteri dapat mengubah nitrat menjadi nitrit. Proses pemanasan ulang di microwave dengan suhu tinggi akan mempercepat reaksi kimia ini. Nitrit dapat mengganggu kemampuan sel darah merah mengikat oksigen dan berpotensi membentuk nitrosamin, senyawa karsinogenik jika dikonsumsi terus-menerus.
Selain risiko kimia, ada pula risiko keamanan pangan dari sisi mikrobiologi. Sayuran matang yang disimpan lebih dari dua jam di suhu ruang, bahkan semalaman di kulkas, tetap berisiko. Bakteri seperti Bacillus cereus dapat tumbuh dan membentuk spora yang tahan terhadap panas. Artinya, meskipun sayuran sudah dipanaskan kembali hingga panas, spora bakteri tersebut tidak mati dan tetap bisa menyebabkan gejala keracunan makanan ringan seperti mual dan sakit perut. Oleh karena itu, demi kesehatan, sebaiknya hindari memanaskan ulang sayuran dan usahakan untuk mengonsumsi makanan yang baru dimasak.[dit]
